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지구에는 현대인의 상상을 초월하는 과학력을 가진 문영이 있었다. 20세기말, 지구의 곳곳에 잠들어있는 이 유산을 발굴, 연구하려는 강대국들의 쟁탈전이 시작되었다. 초고대인들의 유적을 악인이나 한나라가 독점한다면 세계 정세는 완전히 뒤바뀔 터, 이에 대비하여 초고대문명을 봉인하기 위해 초특급 에이전트 '스프리건'인 오미나에 유우가 행동을 개시한다.